O uso da tecnologia RFID possui numerosas vantagens, entre elas a capacidade de transmissão e armazenamento de um grande número de informações. Porém , existem alguns problemas e preocupações quando o assunto é segurança e privacidade. Dessa forma, diversos estudos vem sendo feito em busca do aprimaremento desta tecnologia, afim de eliminar os problemas de segurança. Características, tais como integridade dos dados, privacidade, autenticidade, entre outros, vem sendo implementados neste sistema.

Diversos ataques são feitos contra os sistemas que utilzam o RFID. Estes podem ser classificados em ataques físicos e captura de tráfego. O que pode gerar maiores prejuizos são os ataques físicos, entretanto este é o mais fácil de ser identificado, uma vez que o invasor necessita estar presente e ter contato direto com a etiqueta. Já os ataques de captura de tráfego são considerados passivos, pelo fato do invasor não ter contato direto com o identificador, conseguindo o invasor interceptar a comunicação entre o leitor e a etiqueta.

A medida que o uso da tecnologia for aumentando, estes problemas poderão tomar outras proporções, mas é grande o investimento por parte de diversas empresas pra que se possa diminui-los consideravelmente.

Todavia, alguns problemas relacionados a segurança permanecem tais como:

Clonagem: É uma tática muito utilizada por criminosos para obtenção de dados ou invasão de sistemas, no qual se utiliza uma etiqueta clonada para se comunicar com o leitor original.
Falta de privacidade: As etiquetas são geralmente colocadas em pertences de indivíduos (veículos por exemplo) e com isso é possível o rastreio e monitoramento. É um assunto muito debatido por questões sociólogas.
Interceptação de dados: Basta a pessoa mal-intencionada possuir um leitor compatível a etiqueta correspondente, que este pode obter diversas informações contidas na etiqueta, entre elas informações pessoais.
Negação de serviços: a comunicação entre a etiqueta e o leitor pode ser interrompida de várias formas no meio de uma transmissão e com isso dados incompletos serão registrados no sistema
Alteração de conteúdo: Utilizando um leitor e o tipo de etiqueta certos, uma pessoa pode interceptar, como já citado anteriomente, e alterar os dados presentes na etiqueta.

Possíveis soluções:

A Criptografia seria a melhor opção para se manter um sistema seguro. A aplicação de criptografia no RFID faria com que somente o leitor certo obtevesse e etiqueta referente a este. Mas, as etiquetas menores, principalemente as pacificas, não teriam processamento e energia para realizar tal operação, o que inviaria sua aplicação.

A utilização de códigos, fazendo com que as etiquetas pudessem ser acessadas somente se um código fosse inserido, porém isso exigiria um quantidade absurda de códigos que teriam que ser criados.

A proteção metálica, envolveria a tag, quando esta não estivesse em uso, o que causaria interferências eletromagnéticas e com isso iria impedir que terceiros obtenham acesso aos dados da etiqueta. Pórem essa solução não é viável do ponto de vista prático, pois necessataria que as etiquetas tivessem que ser modificadas constantemente.