Entre as desvantagens podemos citar:

• Falta de Segurança comparado a outros sistemas.
• Custo final elevado dentre as outras tecnologias que poderiam substituir
• Possibilidade considerável de invasão de privacidade.
• Processamento e Energia exigidos consideravos elevados
• Grande dificuldade encontra pelas organizações na padronização das frequências.
• Má interação com metais, pois estes servirão como bons condutores para a corrente gerada pela ondas eletromagnéticas. Porém existe soluções para isso, como encapsulamento.
• Impossibilidade da distância de leitura ser muito distante.
• Miniaturização (Apesar de serem pequenos algumas aplicações podem necessitar que o dispositivo seja imperceptível ao tato e ao olhar).