Nos dias de hoje, os principais problemas relacionados às redes ponto-a-ponto estão relacionados à segurança, já que não é feito um controle sobre o conteúdo liberado nessas redes.

A ausência de um servidor central, típico desses sistemas, determina uma rede livre onde qualquer tipo de material (incluindo vírus, pishings, trojans, além dos arquivos corrompidos, comuns desde a época da rede Napster ) pode ser disseminado.

O Analista de Segurança Alexandre Medeiros, no site da "Rede Nacional de Ensino e Pesquisa", RNP, alerta para os principais perigos no uso de redes ponto-a-ponto, que são:

- a contaminação por vírus, worms e malwares através dos arquivos baixados;

- a invasão através de vulnerabilidades em aplicações de redes P2P;

- dentre outros perigos.

Pode-se afirmar então que o principal fator que contribui para tal disseminação de arquivos maliciosos relaciona-se ao sistema de busca das redes P2P, que trata os arquivos pela string do nome, o que possibilita que pessoas mal- intencionadas coloquem arquivos contaminados na rede com nomes não relacionados com o seu conteúdo.