Para o roteamento, os principais desafios são relativos às características da própria rede DTN, pois o protocolo de roteamento deve considerar atrasos da ordem de horas ou até dias, além das freqüentes desconexões. Também deve ser implementado no protocolo a Transferência de Custódia para que a mensagem seja entregue mesmo em cenários em que não hajam caminhos disponíveis entre a origem e o destino.

No desenvolvimento de aplicações, as mesmas características devem ser observadas. Apesar da camada de agregação ser a responsável pelas características de atrasos e desconexões, as aplicações devem permitir isso, não inserindo, por exemplo, contadores para retransmitirem as solicitações. Um exemplo disso é o navegador web, que reenvia a solicitação caso um tempo específico se passe sem que receba a resposta. Em redes com atrasos de horas ou dias, os contadores, se houver, deverão ser da mesma ordem.