O primeiro problema que atinge a criptografia quântica é o nível de ruído na comunicação,
pois um alto nível de ruído provocará distorções nos resultados, sendo facilmente confundido
com um ataque de espionagem.
Outro desafio é emitir fótons individuais, atualmente, a maioria dos sistemas implementados
envia pulsos de lasers com médias baixas de fótons por pulso, o que reduz a probabilidade de
um pulso conter mais de um fóton, mas aumenta a chance de ocorrerem pulsos sem fótons, o
que diminui a velocidade da comunicação.
Além disso, existe o fato da atenuação, no caso de sistemas clássicos a atenuação é
facilmente resolvida com uso de repetidores, entretanto, no caso quântico isso não é possível.
Dessa forma, para conseguir alcances maiores, será necessário uma nova forma de repetidores
quânticos.
Outro ponto crítico é que após o completo desenvolvimento de um sistema de criptografia
quântica, este deve ser anexado ao sistema de comunicação existente, e isto pode não ser tão
simples.
